Ботанический сад открыт в 1924 году, в 1946–1960 годах не работал, повторно открыт в 1961 году. В 1992 году прошла обширная реконструкция и восстановление сада, в ходе которой построен обширный зимний сад, который стал крупнейшим в Японии в то время.